La storia del nostro Palazzo si snoda attraverso quasi cinque secoli, in cui alterne vicende e diversi passaggi di proprietà ne hanno di volta in volta ampliato e riconvertito la struttura per diversi utilizzi. Una data impressa in una delle formelle dipinte nel soffitto a cassettoni dell'ala più antica, la casa Carpani, potrebbe rappresentare il punto di partenza della storia del Palazzo: luglio 1521.

Nel 1574 l'allora Cardinale Carlo Borromeo, in visita alla Curia di Penzano e Pusiano, si trattenne quale ospite per la notte proprio nella casa di Bartolomeo. I lavori di costruzione dell'ala est, poi terminati con il nuovo secolo, ebbero inizio intorno alla seconda metà del 1600, quando l'antica casa Carpani comincia ad assumere l'aspetto di un "sontuoso Palazzo". La mancanza di documenti cartografici relativi al progetto e la scarsità di documenti di famiglia non permettono di attribuirne la paternità, tuttavia si notano influenze dello stile architettonico del Ruggeri, una delle massime personalità artistiche del settecento lombardo.

Nel 1830 la famiglia Conti, industriali tessili di Cesana, acquista il Palazzo e mostra subito l'intenzione di introdurre parecchie modifiche al suo impianto: completa l'ala ovest occupando abusivamente, con un nuovo edificio, una porzione di pubblica piazza (atto che la porta in causa con la Deputazione Comunale), ed edifica la filanda ai margini del giardino.

La tesi più fondata circa l'origine del Palazzo ne attribuisce l'edificazione alla famiglia Carpani, antica famiglia lombarda originaria di Erba-Villincino che già nel 1227 figurava nella Matricola di Ottone Visconti tra le casate più illustri di Milano. Un ramo della famiglia si stabilì infatti a Pusiano sulle rive dell'omonimo lago dove troviamo Bartolomeo Carpani, proprietario del lago di Pusiano intorno alla metà del 1500. A quest'ultimo, personaggio di rilievo all'interno dell'allora comunità di Pusiano, va probabilmente riferita la prima intestazione della casa Carpani, la dimora quattrocentesca ancora parzialmente rintracciabile nell'impianto di Palazzo Beauharnais.

Il completamento dei lavori dell'ala est si pensa risalga al 1748, come evidenzia una data incisa nella balaustra della loggia in cima allo scalone; il Palazzo si presentava dunque completo, con un portico coperto da tetto che connetteva la vecchia casa Carpani all'edificio maggiore.
Il nuovo secolo vede il Palazzo pervenire nei beni all'appannaggio del vicerè Eugenio Beauharnais, figliastro di Napoleone, che perfeziona la realizzazione dei giardini all'italiana.

Nel 1930 l'intero complesso viene venduto ai Padri Rosminiani i quali adattano a convento l'ala ovest, sopralzano la vecchia casa del '400, e insediano una scuola nell'ala est.